Menkul kıymetlerin elektronik ortamda hesaplararası aktarımının yapıldığı sistemdir. Sistemin açılış saati 8.00 olup, katılımcıların en geç saat 9.00' da kendi sistemlerini açması gerekmektedir. Resmi kapanış saati 17.30 olup, bu saat Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası tarafından gerek görülmesi halinde uzatılabilir. Elektronik Menkul Kıymet Transfer (EMKT) Sistemi; menkul kıymetlerin saklanmasını; ayrıca bankalar arası transfer ve mutabakatının elektronik ortamda, gerçek zamanlı ve kaydi olarak yapılmasını sağlar. TCMB Ödeme Sistemlerinin yeniden yapılandırma programı çerçevesinde geliştirilen İkinci Nesil EMKT Sistemi,12 Temmuz 2013 tarihinde faaliyete geçmiştir. Merkez Bankası tarafından yapılan piyasa ihaleleri ile ilgili işlem akışlarının herhangi bir fon veya kıymet transferi içermeyen bilgi mesajları, 30 Eylül 2012’den itibaren ayrı bir platforma taşınmıştır. İhale Sistemi (IhS) adı verilen bu ortamın amacı, operasyonel riskleri en aza indirmektir. EFT Sistemi ile EMKT Sisteminin işleyişi ile ilgili kurallar, “TCMB Ödeme Sistemleri İşletim Kuralları” belgesi ile belirlenmiştir.